हुमायूँ की मृत्यु के कुछ महीनों के भीतर, उसके राज्यपालों ने दिल्ली सहित कई महत्वपूर्ण शहरों और क्षेत्रों को खो दिया, हेमू, एक हिंदू मंत्री, जिसने अपने लिए सिंहासन का दावा किया था। हुमायूँ के पुत्र जलालुद्दीन मुहम्मद अकबर (शासनकाल 1556-1605) ने, रीजेंट बायराम खान के मार्गदर्शन में, पानीपत की दूसरी लड़ाई (1556) में हेमू को हराया, जिसने दिल्ली के लिए मार्ग का आदेश दिया, और इस तरह हिंदुस्तान में ज्वार को मुगल वंश के पक्ष में बदल दिया। .
यद्यपि अकबर को एक जर्जर साम्राज्य विरासत में मिला, लेकिन वह एक अत्यंत सक्षम शासक साबित हुआ। विशाल क्षेत्रों के उनके विस्तार और अवशोषण ने उत्तरी और मध्य भारत के कुछ हिस्सों में एक साम्राज्य स्थापित किया; 1605 में उनकी मृत्यु पर साम्राज्य अफगानिस्तान से बंगाल की खाड़ी तक और दक्षिण की ओर जो अब गुजरात राज्य और उत्तरी दक्कन क्षेत्र (प्रायद्वीपीय भारत) तक फैला हुआ है। साम्राज्य को संचालित करने के लिए उसने जो राजनीतिक, प्रशासनिक और सैन्य संरचनाएँ बनाईं, वे एक और डेढ़ सदी तक इसके निरंतर अस्तित्व के पीछे मुख्य कारक थीं।
अकबर की सरकार की उल्लेखनीय विशेषताओं में से एक हिंदू और विशेष रूप से राजपूत की भागीदारी थी। मुगल सेवा में राजपूत राजकुमारों ने सेनापतियों और प्रांतीय गवर्नरों के रूप में सर्वोच्च रैंक प्राप्त की। तीर्थयात्रियों के कराधान और सैन्य सेवा के बदले गैर-मुसलमानों (जजिया) द्वारा देय कर को समाप्त करके गैर-मुसलमानों के खिलाफ भेदभाव को कम किया गया था। फिर भी अकबर अपने प्रशासन में सभी स्तरों पर हिंदुओं का सहयोग प्राप्त करने में किसी भी पिछले मुस्लिम शासक की तुलना में कहीं अधिक सफल रहा। उसके प्रदेशों के और विस्तार ने उन्हें नए अवसर दिए।
उबड़-खाबड़ पहाड़ी राजपुताना क्षेत्र में रहने वाले उत्साही स्वतंत्र हिंदू राजपूतों का समावेश सुलह और विजय की नीति के माध्यम से हुआ। जब 1562 में अंबर (अब जयपुर) के राजा बिहारी मल ने उत्तराधिकार के विवाद की धमकी देकर अकबर को अपनी बेटी की शादी की पेशकश की, तो अकबर ने प्रस्ताव स्वीकार कर लिया। राजा ने अकबर की आधिपत्य को स्वीकार किया, और उसके पुत्र अकबर की सेवा में सफल हुए। अकबर ने अन्य राजपूत प्रमुखों के प्रति उसी सामंती नीति का पालन किया। उन्हें अपने पैतृक क्षेत्रों पर कब्जा करने की अनुमति दी गई थी, बशर्ते कि वे अकबर को सम्राट के रूप में स्वीकार करें, श्रद्धांजलि अर्पित करें, आवश्यकता पड़ने पर सैनिकों की आपूर्ति करें, और उसके साथ एक विवाह गठबंधन समाप्त करें। सम्राट की सेवा उनके और उनके पुत्रों के लिए भी खोल दी गई, जिससे उन्हें आर्थिक पुरस्कार के साथ-साथ सम्मान भी मिलता था। हालांकि, अकबर ने उन लोगों पर कोई दया नहीं दिखाई, जिन्होंने उसकी सर्वोच्चता को स्वीकार करने से इनकार कर दिया था; मेवाड़ में लंबी लड़ाई के बाद, अकबर ने 1568 में चित्तौड़ (अब चित्तौड़गढ़) के ऐतिहासिक किले पर कब्जा कर लिया और इसके निवासियों का नरसंहार किया।
इस बीच, अकबर को अपने अब मुख्य रूप से गैर-मुस्लिम विषयों से सक्रिय समर्थन प्राप्त करते हुए एक मुस्लिम शासक के रूप में अपनी स्थिति बनाए रखने के लिए एक तरीके की आवश्यकता थी। जजिया को रद्द करने के अलावा, उन्होंने युद्ध के कैदियों को जबरन इस्लाम में परिवर्तित करने की प्रथा को समाप्त कर दिया और हिंदुओं को अपने प्रमुख विश्वासपात्र और नीति निर्माताओं के रूप में प्रोत्साहित किया। अपनी गैर-सांप्रदायिक नीतियों को वैध बनाने के लिए, उन्होंने 1579 में एक सार्वजनिक आदेश जारी किया जिसमें मुस्लिम धार्मिक विद्वानों और न्यायविदों के शरीर के ऊपर मुस्लिम धार्मिक मामलों में सर्वोच्च मध्यस्थ होने का अधिकार घोषित किया गया था, जिसे अकबर उथला मानते थे। उन्होंने तब तक धार्मिक अनुदानों के प्रशासन में सुधार के लिए कई कड़े कदम उठाए थे, जो अब हिंदू पंडितों, जैन और ईसाई मिशनरियों और पारसी पुजारियों सहित सभी धर्मों के विद्वान और धर्मपरायण लोगों के लिए उपलब्ध थे। बादशाह ने दीन-ए इलाही ("दिव्य आस्था") नामक एक नया आदेश बनाया, जो मुस्लिम रहस्यमय सूफी भाईचारे पर आधारित था, लेकिन राज्य की सेवा में विविध समूहों को एक एकजुट राजनीतिक बनाने के उद्देश्य से तैयार किया गया था। समुदाय।
